Plan zajęć
- Plan wykładu „Biologia systemowa” – semestr letni 2023/2024 (wykład fakultatywny)
- SYLLABUS „Biologia systemowa” – semestr letni 2023/2024
PLAN WYKŁADU
BIOLOGIA SYSTEMOWA
Semestr letni 2023/2024
(wykład fakultatywny)
Wykłady będą odbywały się w środy wyłącznie w wersji on-line
Osoba odpowiedzialna: : prof. dr hab. Jadwiga Jaruzelska
Data | Temat |
6 marzec
11:45 – 15:00
|
11:45-13:15
1. Wprowadzenie do języka R (biblioteka dplyr) 2. Podstawy wizualizacji danych: wykres rozrzutu, wykres pudełkowe oraz histogram (biblioteka ggplot2) Dr hab. Tomasz Górecki, prof. UAM |
13:30 – 15:00
1. Statystyki opisowe: średnia, mediana, dominanta, wariancja, odchylenie standardowe, błąd standardowy 2. Testy statystyczne – wprowadzenie Dr hab. Tomasz Górecki, prof. UAM |
|
20 kwietnia 15:00- 16:30 |
15:00 – 16:30
Wprowadzenie do biologii systemowej Dr Marcin Sajek |
13 marzec 10:00 – 15:00 |
10:00 – 11:30
1. Testy zgodności: test dokładny, test chi2 oraz test G 2. Porównywanie średnich w dwóch populacjach – test t dla prób niezależnych i zależnych. Test Wilcoxona Dr hab. Tomasz Górecki, prof. UAM |
11:45 – 13:15
1. Założenia w testach parametrycznych: normalność, homoskedastyczność wariancji – przekształcenia zmiennych (metoda Boxa-Coxa) 2. Porównanie wielu prób – jedno i dwuczynnikowa analiza wariancji (ANOVA). Test Kruskala-Wallisa oraz test Friedmana. Porównania wielokrotne (post-hoc) Dr hab. Tomasz Górecki, prof. UAM |
|
13:30 – 15:00
Testy niezależności. Wykres mozaikowy, balonowy oraz wykres skojarzeń Dr hab. Tomasz Górecki, prof. UAM |
|
3 kwietnia 10:00 -15:00 |
10:00 – 11:30
Współczynnik korelacji Pearsona i Spearmana. Zastosowanie wykresu rozrzutu oraz wykresu słonecznikowego do analizy korelacji Dr hab. Tomasz Górecki, prof. UAM |
11:45 – 13:15
Regresja prosta. Regresja wielokrotna Dr hab. Tomasz Górecki, prof. UAM |
|
13:30 – 15:00
BioconductoR Dr hab. Tomasz Górecki, prof. UAM |
SYLLABUS
Biologia systemowa
Semestr letni 2023/2024
Nazwa przedmiotu | Biologia systemowa |
Miejsce | Instytut Genetyki Człowieka PAN ul. Strzeszyńska 32, Poznań |
Język przedmiotu | angielski |
Efekty kształcenia dla przedmiotu ujęte w kategoriach: wiedzy, umiejętności oraz kompetencji społecznych | Doktorant zdobywa wiedzę na temat metod statystycznych stosowanych w naukach biologicznych. Wykłady będą poświęcone w szczególności następującym zagadnieniom:
8. Podstawy repozytorium BioconductoR. |
Typ przedmiotu | fakultatywny |
Semestr/rok | Semestr letni 2023/2024 |
Imię i nazwisko osoby/osób prowadzącej/prowadzących przedmiot | dr hab. Tomasz Górecki, prof. UAM |
Imię i nazwisko osoby/osób egzaminującej/egzaminujących bądź udzielającej zaliczenia, w przypadku gdy nie jest to osoba prowadząca dany przedmiot | dr hab. Tomasz Górecki, prof. UAM |
Sposób realizacji | Wykład będzie prowadzony w języku angielskim z użyciem środków audiowizualnych, po którym nastąpi dyskusja |
Wymagania wstępne oraz dodatkowe | Znajomość języka angielskiego oraz biologii molekularnej |
Liczba punktów ECTSs | 2 ECTS |
Bilans punktów ECTSs | Jeden punkt ECTS odpowiada efektom kształcenia, których uzyskanie wymaga od studenta średnio 25-30 godzin pracy, przy czym liczba godzin pracy studenta obejmuje zajęcia organizowane w ramach studiów doktoranckich zgodnie z ich planem oraz jego pracę indywidualną. Praca indywidulana obejmuje poszerzenie wiedzy na podstawie związanej z wykładem bibliografii (vide poniżej). |
Stosowane metody dydaktyczne | Wykład na podstawie prezentacji przygotowanej w programie power point oraz rzutnika multimedialnego |
Metody sprawdzania i oceny efektów kształcenia uzyskanych przez doktorantów | Egzamin ustny |
Forma i warunki zaliczenia przedmiotu | Pozytywna ocena egzaminu |
Treść przedmiotu |
BioconductoR |
Materiały dodatkowe | Prezentacja każdego wykładu w formacie PDF oraz bibliografia do wykładów |
Bibliografia |
|