Poleć stronę znajomemu

Polecana strona: https://bip.igcz.poznan.pl/poznanska-szkola-doktorska-instytutow-pan/plan-zajec/

To pole jest wymagane!

To pole jest wymagane! Adres e-mail nieprawidłowy

To pole jest wymagane!

To pole jest wymagane! Adres e-mail nieprawidłowy

* pola wymagane

Informacja została wysłana
Błąd wysyłania wiadomości

Generowanie pliku PDF


Pobierz
Błąd generatora pdf...
A+

Plan zajęć

  1. Plan wykładu „Biologia systemowa” – semestr letni 2023/2024 (wykład fakultatywny)
  2. SYLLABUS „Biologia systemowa” – semestr letni 2023/2024

PLAN WYKŁADU

BIOLOGIA SYSTEMOWA
Semestr letni 2023/2024
(wykład fakultatywny)

Wykłady będą odbywały się w środy wyłącznie w wersji on-line
Osoba odpowiedzialna: : prof. dr hab. Jadwiga Jaruzelska

Data Temat

6 marzec

 

11:45 – 15:00

 

 

11:45-13:15

1. Wprowadzenie do języka R (biblioteka dplyr)

2. Podstawy wizualizacji danych: wykres rozrzutu, wykres pudełkowe oraz histogram (biblioteka ggplot2)

Dr hab. Tomasz Górecki, prof. UAM

13:30 – 15:00

1. Statystyki opisowe: średnia, mediana, dominanta, wariancja, odchylenie standardowe, błąd standardowy

2. Testy statystyczne – wprowadzenie

Dr hab. Tomasz Górecki, prof. UAM

20 kwietnia

15:00- 16:30

15:00 – 16:30

Wprowadzenie do biologii systemowej

Dr Marcin Sajek

13 marzec

10:00 – 15:00

10:00 – 11:30

1. Testy zgodności: test dokładny, test chi2 oraz test G

2. Porównywanie średnich w dwóch populacjach – test t dla prób niezależnych i zależnych. Test Wilcoxona

Dr hab. Tomasz Górecki, prof. UAM

11:45 – 13:15

1. Założenia w testach parametrycznych: normalność, homoskedastyczność wariancji – przekształcenia zmiennych (metoda Boxa-Coxa)

2. Porównanie wielu prób – jedno i dwuczynnikowa analiza wariancji (ANOVA). Test Kruskala-Wallisa oraz test Friedmana. Porównania wielokrotne (post-hoc)

Dr hab. Tomasz Górecki, prof. UAM

13:30 – 15:00

Testy niezależności. Wykres mozaikowy, balonowy oraz wykres skojarzeń

Dr hab. Tomasz Górecki, prof. UAM

3 kwietnia

10:00 -15:00

10:00 – 11:30

Współczynnik korelacji Pearsona i Spearmana. Zastosowanie wykresu rozrzutu oraz wykresu słonecznikowego do analizy korelacji

Dr hab. Tomasz Górecki, prof. UAM

11:45 – 13:15

Regresja prosta. Regresja wielokrotna

Dr hab. Tomasz Górecki, prof. UAM

13:30 – 15:00

BioconductoR

Dr hab. Tomasz Górecki, prof. UAM


SYLLABUS

Biologia systemowa

Semestr letni 2023/2024

Nazwa przedmiotu Biologia systemowa
Miejsce Instytut Genetyki Człowieka PAN ul. Strzeszyńska 32, Poznań
Język przedmiotu angielski
Efekty kształcenia dla przedmiotu ujęte w kategoriach: wiedzy, umiejętności oraz kompetencji społecznych Doktorant zdobywa wiedzę na temat metod statystycznych stosowanych w naukach biologicznych. Wykłady będą poświęcone w szczególności następującym zagadnieniom:

  1. Język R – podstawy programowania i wizualizacji.
  2. Podstawowe statystyki opisowe danych.
  3. Podstawy testów statystycznych i estymacji.
  4. Główne założenia w testach parametrycznych.
  5. Testowanie statystycznych różnic w średnich dla dwóch i więcej populacji.
  6. Mierzenie oraz testowanie zależności.
  7. Analiza korelacji i regresji.

8. Podstawy repozytorium BioconductoR.

Typ przedmiotu fakultatywny
Semestr/rok Semestr letni 2023/2024
Imię i nazwisko osoby/osób prowadzącej/prowadzących przedmiot dr hab. Tomasz Górecki, prof. UAM
Imię i nazwisko osoby/osób egzaminującej/egzaminujących bądź udzielającej zaliczenia, w przypadku gdy nie jest to osoba prowadząca dany przedmiot dr hab. Tomasz Górecki, prof. UAM
Sposób realizacji Wykład będzie prowadzony w języku angielskim z użyciem środków audiowizualnych, po którym nastąpi dyskusja
Wymagania wstępne oraz dodatkowe Znajomość języka angielskiego oraz biologii molekularnej
Liczba punktów ECTSs 2 ECTS
Bilans punktów ECTSs Jeden punkt ECTS odpowiada efektom kształcenia, których uzyskanie wymaga od studenta średnio 25-30 godzin pracy, przy czym liczba godzin pracy studenta obejmuje zajęcia organizowane w ramach studiów doktoranckich zgodnie z ich planem oraz jego pracę indywidualną. Praca indywidulana obejmuje poszerzenie wiedzy na podstawie związanej z wykładem bibliografii (vide poniżej).
Stosowane metody dydaktyczne Wykład na podstawie prezentacji przygotowanej w programie power point oraz rzutnika multimedialnego
Metody sprawdzania i oceny efektów kształcenia uzyskanych przez doktorantów Egzamin ustny
Forma i warunki zaliczenia przedmiotu Pozytywna ocena egzaminu
Treść przedmiotu
  1. Wprowadzenie do języka R (biblioteka dplyr)
  2. Podstawy wizualizacji danych: wykres rozrzutu, wykres pudełkowe oraz histogram (biblioteka ggplot2)
  3. Statystyki opisowe: średnia, mediana, dominanta, wariancja, odchylenie standardowe, błąd standardowy
  4. Testy statystyczne – wprowadzenie
  5. Testy zgodności: test dokładny, test chi2 oraz test G
  6. Porównywanie średnich w dwóch populacjach – test t dla prób niezależnych i zależnych. Test Wilcoxona
  7. Założenia w testach parametrycznych: normalność, homoskedastyczność wariancji – przekształcenia zmiennych (metoda Boxa-Coxa)
  8. Porównanie wielu prób – jedno i dwuczynnikowa analiza wariancji (ANOVA). Test Kruskala-Wallisa oraz test Friedmana. Porównania wielokrotne (post-hoc)
  9. Testy niezależności. Wykres mozaikowy, balonowy oraz wykres skojarzeń
  10. Współczynnik korelacji Pearsona i Spearmana. Zastosowanie wykresu rozrzutu oraz wykresu słonecznikowego do analizy korelacji
  11. Regresja prosta. Regresja wielokrotna

BioconductoR

Materiały dodatkowe Prezentacja każdego wykładu w formacie PDF oraz bibliografia do wykładów
Bibliografia
  1. Biecek, P. (2016). Odkrywać! Ujawniać! Objaśniać!, Wydawnictwo UW.
  2. Biecek, P. (2017). Przewodnik po pakiecie R, GiS.
  3. Crawley, M.J. (2012), The R Book, Wiley.
  4. Gągolewski, M. (2014). Programowanie w języku R, PWN.
  5. Górecki, T. (2011). Podstawy statystyki z przykładami w R, BTC.
  6. James, G., Witten, D., Hastie, T., Tibshirani, R. (2017). An Introduction to Statistical Learning with Applications in R. Springer.
  7. Koronacki, J., Mielniczuk, J. (2009). Statystyka dla studentów kierunków technicznych i przyrodniczych, WNT.

Informacje o stronie ▾

Autor: Marcin Kęsikiewicz
Opublikował: Marcin Kęsikiewicz
Data ostatniej modyfikacji: 08.03.2024
Data publikacji: 25.08.2020
Liczba wyświetleń: 1403

Data zmiany Opublikował Autor Data wytw. informacji
Ewa Gołębiewska Ewa Gołębiewska
Ewa Gołębiewska Ewa Gołębiewska
Ewa Gołębiewska Ewa Gołębiewska
Ewa Gołębiewska Ewa Gołębiewska
Ewa Gołębiewska Ewa Gołębiewska
Ewa Gołębiewska Ewa Gołębiewska
Marcin Kęsikiewicz Marcin Kęsikiewicz
Ewa Gołębiewska Ewa Gołębiewska
Ewa Gołębiewska Ewa Gołębiewska
Ewa Gołębiewska Ewa Gołębiewska
Ewa Gołębiewska Ewa Gołębiewska
Ewa Gołębiewska Ewa Gołębiewska
Ewa Gołębiewska Ewa Gołębiewska
Ewa Gołębiewska Ewa Gołębiewska
Ewa Gołębiewska Ewa Gołębiewska
Ewa Gołębiewska Ewa Gołębiewska
Ewa Gołębiewska Ewa Gołębiewska
Ewa Gołębiewska Ewa Gołębiewska
Ewa Gołębiewska Ewa Gołębiewska
Ewa Gołębiewska Ewa Gołębiewska
Ewa Gołębiewska Ewa Gołębiewska
Ewa Gołębiewska Ewa Gołębiewska
Marcin Kęsikiewicz Marcin Kęsikiewicz
Marcin Kęsikiewicz Marcin Kęsikiewicz
Marcin Kęsikiewicz Marcin Kęsikiewicz
Marcin Kęsikiewicz Marcin Kęsikiewicz
Marcin Kęsikiewicz Marcin Kęsikiewicz
Marcin Kęsikiewicz Marcin Kęsikiewicz