Plan zajęć
- Plan wykładu „BIOINFORMATYKA” – semestr letni 2024/2025 (wykład fakultatywny)
- SYLLABUS „BIOINFORMATYKA” – semestr letni 2024/2054
PLAN WYKŁADU
Semestr letni 2024/2025
(wykład fakultatywny)
Wykłady będą odbywały się w wersji hybrydowej
Osoba odpowiedzialna: : dr Marcin Sajek
| Data | Temat |
| 12 marzec
14:30 -16:00 |
Wprowadzenie do bioinformatyki.
Metody wysokoprzepustowe w bioinformatyce (Wykładowca: dr Marcin Sajek) |
| 18 marzec
15:30 -17:00 wyłącznie on-line |
Metody statystyczne w analizie danych wysokoprzepustowych
(Wykładowca: dr Tomasz Górecki) |
| 26 marzec
14:30-16:00 |
Języki programowania i narzędzia bioinformatyczne
(Wykładowca: dr Tomasz Woźniak) |
| 02 kwiecień
14:30-16:00 |
Metody sekwencjonowania całej cząsteczki i ich zastosowanie
(Wykładowca: dr Marcin Sajek) |
| 09 kwiecień
14:30-16:00 |
Wprowadzenie do uczenia maszynowego
(Wykładowca: dr Marcin Sajek) |
| 29 kwiecień
13:00-14:30 |
Transkryptomika przestrzenna oraz pojedynczej komórki
(Wykładowca: Yukie Kashima, University of Tokyo, Karolinska Institute, Stockholm) |
| 13 czerwiec
11:45-13:45 |
Ocena jakości struktur 3D RNA
(Wykładowca: dr hab. Maciej Antczak, Instytut Informatyki, Politechnika Poznańska) |
| 20 czerwiec
9:45-11:15 |
Modelowanie struktury trzeciorzędowej RNA I białek
(Wykładowca: dr hab. Maciej Antczak, Instytut Informatyki, Politechnika Poznańska) |
SYLLABUS
Semestr letni 2024/2025
| Nazwa przedmiotu | BIOINFORMATYKA |
| Miejsce | Instytut Genetyki Człowieka PAN ul. Strzeszyńska 32, Poznań |
| Język przedmiotu | angielski |
| Efekty kształcenia dla przedmiotu ujęte w kategoriach: wiedzy, umiejętności oraz kompetencji społecznych | Doktorant zdobywa wiedzę na temat bioinformatyki i biologii obliczeniowej zarówno z zakresu genomiki i transkryptomiki jak i biologii strukturalnej. Przedstawiane zagadnienia obejmują również analizę statystyczną, podstawy programowania i uczenia maszynowego oraz wykorzystanie algorytmów sztucznej inteligencji w bioinformatyce |
| Typ przedmiotu | fakultatywny |
| Semestr/rok | Semestr letni 2024/2025 |
| Imię i nazwisko osoby/osób prowadzącej/prowadzących przedmiot | Prof. UAM dr hab. Tomasz Górecki, prof. PP dr hab. Maciej Antczak, prof. Yukie Kashima, dr Tomasz Woźniak, dr Marcin Sajek |
| Imię i nazwisko osoby/osób egzaminującej/egzaminujących bądź udzielającej zaliczenia, w przypadku gdy nie jest to osoba prowadząca dany przedmiot | dr Marcin Sajek |
| Sposób realizacji | Wykład będzie prowadzony w języku angielskim z użyciem środków audiowizualnych, po którym nastąpi dyskusja |
| Wymagania wstępne oraz dodatkowe | Znajomość języka angielskiego oraz biologii molekularnej i matematyki |
| Liczba punktów ECTSs | 2 ECTS |
| Bilans punktów ECTSs | Jeden punkt ECTS odpowiada efektom kształcenia, których uzyskanie wymaga od studenta średnio 25-30 godzin pracy, przy czym liczba godzin pracy studenta obejmuje zajęcia organizowane w ramach studiów doktoranckich zgodnie z ich planem oraz jego pracę indywidualną. Praca indywidulana obejmuje poszerzenie wiedzy na podstawie związanej z wykładem bibliografii (vide poniżej). |
| Stosowane metody dydaktyczne | Wykład na podstawie prezentacji przygotowanej w programie power point oraz rzutnika multimedialnego |
| Metody sprawdzania i oceny efektów kształcenia uzyskanych przez doktorantów | Egzamin ustny |
| Forma i warunki zaliczenia przedmiotu | Pozytywna ocena egzaminu |
| Treść przedmiotu | metody sekwencjonowania i sposoby ich analizy
-metody statystyczne w analizie danych wysokoprzepustowych -jezyki programowania -biologiczne bazy danych -metody sekwencjonowania pojedynczej cząsteczki -podstawy uczenia maszynowego -transkryptomika przestrzenna -sekwencjonowanie pojedynczej komórki -metody przewidywania struktur RNA i białek -algorytmy AI w biologii strukturalnej |
| Materiały dodatkowe | Prezentacja każdego wykładu w formacie PDF oraz bibliografia do wykładów |
| Bibliografia | będzie podana w późniejszym terminie |